《鴨乃橋論的禁忌推理》故事述說偵探培訓學校 BLUE 出生的天才偵探「鴨乃橋論」，雖然擁有 100% 的破案率，但犯人捕捉率卻是 0%，而他也因某個原因被禁止從事偵探工作。直到某天刑警一色都都丸找上門求助，鴨乃也決定利用都都丸刑警的身份，化身為他的助理重操偵探的工作，聯手解決所有懸疑謎題。
在動畫第一季的結尾，論曾經發生的「血的實習事件」的真相逐漸清晰，論脖子上神秘記號的由來也正是揭曉，這一切都與以犯下無法破解的懸案著稱的「M 家族」有關，在得知這些真相後，雖然面對的是神祕又恐怖的 M 家族，論、都都與修比茲還是下定決心要揭露這個家族的罪行。第二季動畫就會以神秘的 M 家族作為故事主展開。
榎木淳彌表示「能夠聽到第二季製作決定的消息，我真的覺得很開心！從第二季開始，也將會越來越接近論的過去與相關事件的真相，也非常期待與 M 家族之間的對決！接下來我會繼續努力表現都都的吐槽！」。阿座上洋平則是表示「希望可以盡快將在第一季裡學到的知識，運用在第二季動畫中。我絕對不會說要【全力以赴！】，而是要像論一樣【輕鬆自在】的享受與 M 家族的宿命對決！請大家敬請期待！」。
