本次故事以位於東京八丈島近海的「太平洋浮標」為舞台，太平洋浮標是一處匯集了全世界警察監控攝像畫面的海洋設施，為了正式啟動與歐洲刑警組織所管轄的網路連接，世界各國的工程師集結於此對某種「新技術」進行了測試。另一方面，柯南及少年偵探團受園子的邀請來到八丈島賞鯨，此時柯南卻接到沖矢昴打來的電話，說明歐洲刑警組織的職員在德國被黑衣組織的琴酒殺害。感到不安的柯南在潛入設施內後，發生一名女性工程師被黑衣組織綁架的事件…並且那名女性工程師持有記錄著某個訊息的 USB 也流到到了黑衣組織的手中，而灰原哀身邊也有黑影悄悄的向她襲來…
